قبل بَذر الأرض، يجب فحص التربة المعدة لزراعة الذرة بحثاً عن الآفات المنتقلة عبر التربة (الدودة السلكية، الدودة السلكية الزائفة). للقيام بذلك يتم حفر 0.25 متر مربع (0.5×0.5) إلى عمق 25 سم عندما تصل التربة (على العمق الزراعي) إلى درجة دفء 8-10 درجة مئوية. يتم الحفر في الحقل بشكل قطري. إذا تواجدت الآفات في التربة بكمية تصل إلى عتبة الضرر وأعلى (10 أو أكثر في كل عينة من كل متر مربع)، فمن الضروري معالجة البذور بالمبيد الحشري المضاد.

في السنوات الأخيرة، تزايدت أعداد عثة القطن بشكل كبير. و وصلت نسبة الأضرار التي لحقت بالحقول الفردية إلى 80-100 ٪. يرجع ذلك إلى تزامن مرحلة تطورها (الخروج الجماعي ليرقات الجيل الثاني) مع إزهار كيزان الذرة التي تتركز عندها الآقة. تزامن مراحل تطور عثة القطن مع الآفة الشائعة الأخرى عثة ساق الذرة تسمح بجمع المعالجة التي تكافح هذه الآفات.

تستخدم المبيدات الحشرية الموصى بها في المنطقة لقتل الآفات. أما لمكافحة عثة القطن، يفيد استخدام الحشرة أكلة البيض – ترايكوغراما. يتم إطلاق الترايكوغراما على المحاصيل بمعدل 25 ألف حشرة لكل 1 هكتار وتوزع بالتساوي في جميع أنحاء الحقل لأنها تطير بشكل سيء.

أكثر أمراض الذرة شيوعًا هي: احتراق الأوراق الفطري helminthosporiosis، تفحم قمة الكوز، تفحم الكوز الغباري، بكتيريا الكوز, فيوزاريوم الأكواز.

لحماية المحاصيل من هذه الأمراض من الضروري مراقبة الدورة الزراعية والتعقيم الجيد للبذور وحماية الذرة من الآفات والتلف الميكانيكي.